Debido a que Humahuaca y toda la quebrada cuenta con un clima desértico, en el cual la periodicidad de días claros es muy extensa y al cantidad de días con lluvia es muy limitado a los meses estivales, casi no hay obstáculos para la actividad turística.

Teniendo en cuenta la intensa radiación solar y las temperaturas máximas medias que rondan entre los 19° C y 23° C a lo largo del año, casi siempre se dispone de un tiempo confortable durante el día.
Otro punto a destacar es que por causa de las grandes amplitudes térmicas diarias, las noches son corrientemente frías en el período pluvial y excesivamente frías en el período seco. En la última estación las temperaturas suelen descender a valores menores a 0° C.